2003年12月30日，桂林公交新辟99路，起讫站为乌石街平山（试运行），服务时间7:00双向对发，末班18:30。

2004年01月01日，99路正式开通运营，服务时间为7:00-19:00。

2004年02月09日，99路末班车时间延时至21:30。

2004年12月18日，99路末班车时间缩至20:30。

2005年11月01日，99路每日早晚各2趟延伸至大风山。

2008年10月18日，99路车型更换为新购金陵JLY6110SB8型柴油空调双层车，服务时间调整为6:00-22:30。

2010年08月25日，99路调整延伸至八里街农贸市场，新增行驶北辰路、灵川大道、八里二路、八里四路、八里六路，末班车时间缩至22:00。

2011年05月08日，因中山路夜市迁移，99路夜间下行恢复行驶中山中路，撤销原西门桥-解放西路各夜间站点。

2011年08月19日，因原农贸市场场地问题，99路调整由八里五路始发，行驶八里五路-八里四路，取消原八里八路、八里六路、八里四路行驶。

2013年12月28日，99路在叠彩商贸城及始发站路口之间新增桂北客运站1对往返站点。

2014年04月23日，99路恢复停靠桂青路及行驶八里四路。

2015年06月27日，99路起点站调整为川东四路（万顺家具城），改行川东四路-八里五路-川东二路-八里四路-灵川大道。

2017年06月06日，99路起点站延伸调整至公交春江车场，增加行驶川东五路-春江北路。

2018年07月19日，99路起点站缩至滨北车场。

2018年07月26日，99路终点站延伸至新开的桂林汽车客运南站（滨北车场汽车客运南站），同时线路升级为大站快线更名为K99路，增加行驶凯风路、茶店路，取消原瓦窑路、环城南二路路段的行驶。

2021年04月01日，K99路终点站延伸进汽车客运南站下客区，新增汽车客运南站接驳站1对往返站点。