2003年04月28日，昆明市公共汽车总公司新辟109路，起讫站为东站（公汽驾训站）时代风华小区。

2010年10月01日，昆明公交集团85路（菊花村高新开发区管委会）线路调整，起讫站调整为东站（公汽车场）科普路；109路（东站（公汽车场）阳光花园小区）线路调整，起讫站调整为菊花村阳光花园小区；111路甲（东站（公汽车场）东站（公汽车场））线路调整，起讫站调整为菊花村菊花村。

2015年03月09日，为进一步优化线网布局，提升运营效率，昆明公交集团109路（菊花村阳光花园小区）、109路区间（菊花村万达广场）、K19路停止运营。

2015年05月21日，应广大乘客建议，结合营运实际，昆明公交集团109路恢复运营，起讫站为菊花村阳光花园小区。途经站点：菊花村（起始站）、菊花村（回）、东站（十字路口）、市博物馆、白塔路口（拓东路）、塘子巷、昆明市第一人民医院（去）、巡津街、南坝路（双龙桥）、南坝路、福达路口、锦苑花园、锦苑花园（日新路）、佳湖花园、前兴路口（润城第二大道）、日新西路（润城第一大道）、陈顾村、邬小村、杨家地、南苑、云检培训中心、滇池路口（去）、福海乡（回）、和清村（回）、南诏苑（回）、阳光花园小区（终到站）。运营时间：6:00—21:30，票价一元，使用IC卡。

2017年10月09日，为配合昆明市“综合交通国际枢纽”项目建设，结合菊花村车场、巫家坝车场、东部修理公司临时车场周边路网通行条件及线网布局情况，昆明公交集团将对菊花村车场及巫家坝车场部分公交线路进行分批优化调整，共计线路17条，具体情况如下：（一）2017年10月09日起：5路（菊花村昆师路）线路延伸，起讫站调整为巫家坝车场茭菱路口（环城西路）；62路（菊花村梁源三区）线路延伸，起讫站调整为巫家坝车场梁源三区；62路空调车（菊花村马街（西部客运站））线路调整，起讫站调整为巫家坝车场梁源三区；254路（菊花村金星立交桥（金星地铁站B口））线路延伸，起讫站调整为巫家坝车场（雨龙路）金星立交桥（金星地铁站B口）；Z74路（菊花村关上（日新路））线路调整，起讫站调整为巫家坝车场（雨龙路）菊花村；109路（菊花村阳光花园小区）线路延伸，起讫站调整为巫家坝车场（雨龙路）阳光花园小区；184路（菊花村云南民族村）线路延伸，起讫站调整为巫家坝车场（雨龙路）云南民族村；238路（菊花村羊甫车场）由菊花村车场始发调整为羊甫车场始发，起讫站调整为羊甫车场菊花村。（二）2017年10月11日起：11路（巫家坝车场大板桥公交车场）线路调整，起讫站调整为菊花村大板桥公交车场；11路专线（巫家坝车场西冲村）线路调整，起讫站调整为菊花村西冲村；12路（巫家坝车场呈贡）线路调整，起讫站调整为菊花村呈贡；164路（巫家坝车场航天城）线路调整，起讫站调整为菊花村航天城；188路（巫家坝车场春漫大道（东信中心城））线路调整，起讫站调整为信息产业基地车场菊花村。（三）2017年10月20日起：51路（菊花村高峣）线路延伸，由东部修理公司临时车场始发，经归十西路、凉亭中路、金马路、彩云北路、东郊路回原线行驶，来回复行，起讫站调整为公交东部修理公司高峣；98路（菊花村苏家塘）线路延伸，由东部修理公司临时车场始发，经归十西路、凉亭中路、金马路、彩云北路、东郊路回原线行驶，来回复行，起讫站调整为公交东部修理公司苏家塘；72路（菊花村岗头村）线路延伸，由东部修理公司临时车场始发，经归十西路、凉亭中路、凉亭路、彩云北路、东郊路回原线行驶，来回复行，起讫站调整为公交东部修理公司岗头村；111路甲（菊花村菊花村）线路延伸，由东部修理公司临时车场始发，经归十西路、凉亭中路、金马路、东风东路、环城东路回原线行驶，来回复行，起讫站调整为公交东部修理公司公交东部修理公司。

2019年07月16日，昆明公交集团109路（巫家坝车场阳光花园小区（日新西路））线路调整，起讫站调整为巫家坝车场福海乡。

2020年05月02日，为配合地铁项目施工，昆明公交集团53路（半岛车场福海乡）线路调整，起讫站调整为半岛车场阳光花园小区（阳光中路）；109路（巫家坝车场福海乡）线路调整，起讫站调整为巫家坝车场阳光花园小区（阳光中路）；C8路（眠山车场福海乡）线路调整，起讫站调整为眠山车场阳光花园小区（阳光中路）；K15路（螺蛳湾公交枢纽站福海乡）缩线行驶，起讫站调整为螺蛳湾公交枢纽站正和小区；Z12路（海雅路口（海宏路）福海乡）缩线行驶，起讫站调整为海雅路口（海宏路）正和小区。

2021年09月19日，昆明公交集团109路（巫家坝车场阳光花园小区（阳光中路）/ 阳光花园小区（阳光中路）巫家坝车场（雨龙路））局部优化调整，线路起讫站不变，新增站点：民航路口（环城南路）、吴井桥（环城南路）、北京路口（环城南路）（回）、双龙商场。取消站点：市博物馆、拓东路中段、拓东路（富滇银行）（回）、巡津街。线路调整后，运营时间、票制票价不变。