2003年07月16日，公交总公司新辟99路，起讫站为景明佳园江南明珠。

2009年03月14日，公交总公司99路（景明佳园江南明珠）线路延伸，起讫站调整为景明佳园杨庄。【因石杨路封闭施工，自延伸之日起，临时绕经友谊河路、上高路、银龙花园路，起讫站临时调整为景明佳园银龙花园东，待工程竣工，恢复原线行驶】（至2009年7月3日恢复）

2018年06月17日，江南公交99路（景明佳园杨庄）调整走向，起讫站调整为景明佳园银城东苑，同时120路停止运营。

2019年11月01日，南京公交集团第三客运公司26路、46路、61路、75路、87路、88路、98路、99路、103路、108路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第四客运公司运营管理。

2021年05月01日，南京公交集团第四客运公司26路、44路、46路、61路、75路、88路、98路、99路、103路、111路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第三客运公司运营管理。