2001年06月22日，公交总公司新辟61路，起讫站为公交四公司双闸。

2003年01月25日，公交总公司61路（公交四公司双闸）调整走向，起讫站调整为公交四公司五洲装饰城。

2004年05月14日，公交总公司61路（公交四公司五洲装饰城）线路延伸，起讫站调整为雨花台南大门五洲装饰城。

2006年01月26日，为方便景明佳园附近居民出行，公交总公司46路（雨花台南大门鼓楼）调整走向，起讫站调整为景明佳园鼓楼；61路（雨花台南大门五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为景明佳园五洲装饰城。

2014年01月01日，江南公交61路起讫站由“江东中路·水西门大街（五洲装饰城）”调整至江东中路·江东门北街。

2019年11月01日，南京公交集团第三客运公司26路、46路、61路、75路、87路、88路、98路、99路、103路、108路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第四客运公司运营管理。

2021年05月01日，南京公交集团第四客运公司26路、44路、46路、61路、75路、88路、98路、99路、103路、111路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第三客运公司运营管理。