2006年09月26日，北京公交集团实施第二批优化公交线网方案，新辟427路（城铁龙泽苑站龙跃苑一区东门）、428路（城铁龙泽苑站天通北苑）、429路（城铁龙泽苑站吉晟别墅）、460路（马连店马连店）、461路（马连店马连店）、462路（二拨子新村新都东站）、463路（北亚花园城铁龙泽苑站）、464路（回南家园和平东桥）、465路（南七家大羊坊）、466路（北苑家园中关村南）、467路（善各庄静安庄）、468路（朝新嘉园四惠站）、469路（颐和园西门五路）、470路（城铁望京西站城铁望京西站）、471路（城铁望京西站城铁望京西站）、472路（玉泉路口南金安桥北）、473路（玉泉路口南六里桥北里）。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2010年11月15日，受善各庄场站拆迁影响，第七客运分公司467路（善各庄静安庄）缩短为善各庄西站静安庄。

2015年05月26日，第一客运分公司13路、21路、24路、62路、65路、119路、120路、125路、301路、569路、快速公交3线|BRT3、快速公交3线区间|BRT3区间、专22路划转至电车客运分公司；132路划转至第八客运分公司；659路划转至第七客运分公司；328路划转至第四客运分公司。第二客运分公司2路、5路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、36路、39路、56路、59路、69路、70路、71路、525路、603路、685路、快速公交1线|BRT1、专26路、专56路划转至电车客运分公司；66路、511路、556路、夜12路划转至第三客运分公司；夜15路划转至第六客运分公司。第三客运分公司523路、623路、736路、741路、专96路划转至第二客运分公司；318路、327路、385路、396路、472路、473路、663路、特6路、特10路、特19路、专91路、专108路、专109路、专110路、融景城便民班车划转至第六客运分公司；469路、505路、508路、539路、579路、特4路、特5路划转至第四客运分公司。第四客运分公司15路、16路、26路、45路、46路、47路划转至电车客运分公司；专13路划转至第二客运分公司；395路划转至第三客运分公司。第五客运分公司9路、43路、75路、95路、635路、快速公交2线|BRT2、快速公交2线区间|BRT2区间划转至电车客运分公司；421路划转至第八客运分公司；639路划转至第七客运分公司。第六客运分公司10路、20路、夜17路划转至电车客运分公司；63路、83路、309路、310路、313路、321路、321路区间、323路、338路、351路、354路、451路、477路、480路、661路、692路、专27路划转至第三客运分公司。第七客运分公司特12路内环、特12路外环、夜20路划转至电车客运分公司；467路、660路、677路、专112路、专116路划转至第八客运分公司；54路、684路划转至第二客运分公司；549路、608路划转至第四客运分公司；8路、674路划转至第五客运分公司；689路划转至第一客运分公司。第八客运分公司44路内环、44路外环划转至电车客运分公司；378路、602路划转至第二客运分公司；645路划转至第六客运分公司；特16路划转至第七客运分公司；72路划转至第三客运分公司；630路、696路、698路、714路划转至第四客运分公司；466路划转至第一客运分公司。电车客运分公司359路、418路、夜10路划转至第七客运分公司；423路划转至第三客运分公司。同日起原有的两家分公司联营的夜班线路全部取消联营，由一家分公司独立运营，第二客运分公司与电车客运分公司联营的夜2路由电车客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜3路由第四客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜5路由第六客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜6路由第五客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜7路由第三客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜13路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第三客运分公司联营的夜14路、夜18路由第一客运分公司运营；第四客运分公司与第六客运分公司联营的夜21路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第二客运分公司联营的夜24路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜34路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第六客运分公司联营的夜36路由第三客运分公司运营。

2019年04月10日，第一客运分公司467路（善各庄西站静安庄）调整为地铁善各庄站静安庄。