2006年09月26日，北京公交集团实施第二批优化公交线网方案，新辟427路（城铁龙泽苑站龙跃苑一区东门）、428路（城铁龙泽苑站天通北苑）、429路（城铁龙泽苑站吉晟别墅）、460路（马连店马连店）、461路（马连店马连店）、462路（二拨子新村新都东站）、463路（北亚花园城铁龙泽苑站）、464路（回南家园和平东桥）、465路（南七家大羊坊）、466路（北苑家园中关村南）、467路（善各庄静安庄）、468路（朝新嘉园四惠站）、469路（颐和园西门五路）、470路（城铁望京西站城铁望京西站）、471路（城铁望京西站城铁望京西站）、472路（玉泉路口南金安桥北）、473路（玉泉路口南六里桥北里）。

2008年11月15日，为配合玉泉路公交场站搬迁，同时启用鲁谷公交场站，第三客运分公司452路、第六客运分公司389路、530路、617路、619路、621路、双层客运分公司472路、473路、736路首（末）站由玉泉路口南（西）调整至鲁谷公交场站；第六客运分公司481路（玉泉路口南颐和园新建宫门）延长为吴庄颐和园新建宫门；双层客运分公司817路（玉泉路口南国防大学）调整中途走向并延长为鲁谷公交场站国防大学，同时更名为特10路。

2015年05月26日，第一客运分公司13路、21路、24路、62路、65路、119路、120路、125路、301路、569路、快速公交3线|BRT3、快速公交3线区间|BRT3区间、专22路划转至电车客运分公司；132路划转至第八客运分公司；659路划转至第七客运分公司；328路划转至第四客运分公司。第二客运分公司2路、5路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、36路、39路、56路、59路、69路、70路、71路、525路、603路、685路、快速公交1线|BRT1、专26路、专56路划转至电车客运分公司；66路、511路、556路、夜12路划转至第三客运分公司；夜15路划转至第六客运分公司。第三客运分公司523路、623路、736路、741路、专96路划转至第二客运分公司；318路、327路、385路、396路、472路、473路、663路、特6路、特10路、特19路、专91路、专108路、专109路、专110路、融景城便民班车划转至第六客运分公司；469路、505路、508路、539路、579路、特4路、特5路划转至第四客运分公司。第四客运分公司15路、16路、26路、45路、46路、47路划转至电车客运分公司；专13路划转至第二客运分公司；395路划转至第三客运分公司。第五客运分公司9路、43路、75路、95路、635路、快速公交2线|BRT2、快速公交2线区间|BRT2区间划转至电车客运分公司；421路划转至第八客运分公司；639路划转至第七客运分公司。第六客运分公司10路、20路、夜17路划转至电车客运分公司；63路、83路、309路、310路、313路、321路、321路区间、323路、338路、351路、354路、451路、477路、480路、661路、692路、专27路划转至第三客运分公司。第七客运分公司特12路内环、特12路外环、夜20路划转至电车客运分公司；467路、660路、677路、专112路、专116路划转至第八客运分公司；54路、684路划转至第二客运分公司；549路、608路划转至第四客运分公司；8路、674路划转至第五客运分公司；689路划转至第一客运分公司。第八客运分公司44路内环、44路外环划转至电车客运分公司；378路、602路划转至第二客运分公司；645路划转至第六客运分公司；特16路划转至第七客运分公司；72路划转至第三客运分公司；630路、696路、698路、714路划转至第四客运分公司；466路划转至第一客运分公司。电车客运分公司359路、418路、夜10路划转至第七客运分公司；423路划转至第三客运分公司。同日起原有的两家分公司联营的夜班线路全部取消联营，由一家分公司独立运营，第二客运分公司与电车客运分公司联营的夜2路由电车客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜3路由第四客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜5路由第六客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜6路由第五客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜7路由第三客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜13路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第三客运分公司联营的夜14路、夜18路由第一客运分公司运营；第四客运分公司与第六客运分公司联营的夜21路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第二客运分公司联营的夜24路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜34路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第六客运分公司联营的夜36路由第三客运分公司运营。

2022年05月17日，按照丰台区疫情防控工作要求，途经岳各庄、青塔等区域周边的第三客运分公司96路、97路、338路、390路、400路快车内环、400路快车外环、专3路；第四客运分公司64路、335路、473路、531路、554路、624路、634路、专127路；第六客运分公司967路采取暂停运营措施；第一客运分公司4路；第三客运分公司专17路；第四客运分公司603路；第八客运分公司959路、982路采取区间运营措施；第七客运分公司973路取消西段大瓦窑公交场站方庄桥西区间车，仅保留东段东窑村朝阳公园桥北区间车；受场站疫情封闭影响，依托菜户营西路场站驻发的电车客运分公司74路、专138路采取暂停运营措施。

2022年06月09日，按照疫情防控工作要求，前期受丰台区疫情管控影响的第一客运分公司4路、694路、夜18路；第二客运分公司53路、第三客运分公司、48路、49路、50路、51路、54路、62路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、91路、93路、96路、97路、133路、134路、142路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、324路、329路、338路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、390路、391路、395路、400路快车内环、400路快车外环、423路、434路、452路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、485路、497路、501路、511路、529路、550路、556路、599路、602路、622路、627路、631路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679路、679通勤快车、685路、687路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专3路、专4路、专9路、专13路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜12路、夜16路、夜23路、夜36路；第四客运分公司40路、52路、57路、64路、68路、76路、335路、436路、473路、481路、507路、531路、568路、603路、611路、612路、644路、专127路、夜4路；第五客运分公司820路、825路、990路、997路；第六客运分公司456路、616路、646路、827路、829路、832路、835路、836路、839路、840路、845路、895路、896路、901路、901路快车、903路、912路、917路、934路、946路、951路、952路、954路、957路、967路、968路、969路、971路、993路；第七客运分公司973路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、948路、958路、959路、961路、977路、982路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、38路、39路、43路、45路、46路、59路、70路、71路、74路、88路、120路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专138路、专154路、专155路、专156路、专176路、夜2路、夜11路、夜15路恢复全线运营；第一客运分公司141路；第三客运分公司84路、139路、366路、524路、526路、555路、576路、夜28路、专17路、专62路、专189路；第四客运分公司327路、554路、574路、624路、634路、专146路；第五客运分公司821路、828路、943路、986路；第六客运分公司838路、917路快车恢复区间运营。