1999年05月20日，公交总公司新马线更名为51路。

2010年12月26日，为配合公安交管部门整治中山门拥堵问题，公交总公司29路（柳营五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为杨庄五洲装饰城；51路（太阳城新街口东）调整走向，起讫站调整为太阳城双桥门。

2014年09月21日，江南公交51路（太阳城双桥门）调整走向，起讫站调整为太阳城白下高新园区。

2015年11月26日，江南公交51路（太阳城白下高新园区）线路延伸，起讫站调整为太阳城杨庄；93路（杨庄红山路·迈皋桥【上行】/迈皋桥广场杨庄【下行】）调整走向，起讫站调整为白下高新园区南兰园。

2020年09月26日，因石杨路道路围挡施工，造成道路无法进出，南京公交51路（太阳城杨庄）缩线行驶，起讫站临时调整为太阳城石杨路·永丰大道。

2025年05月10日，南京公交新辟212路，起讫站为紫金明珠马群街南。同时51路、343路、B11路停止营运。