2012年09月02日，浦东杨高新辟1039路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东杨高313路、343路、581路、639路、640路、777路、798路、988路、991路、1001路、1019路、1020路、1029路、1039路、1046路、1051路、1085路、1090路、1099路、1126路、1129路、1159路、1161路、浦东2路、浦东5路、浦东25路、浦东52路、浦东61路、浦东62路、浦东64路、浦东75路、浦东94路、浦东101路、北蔡1路、川沙3路、花木1路、陆家嘴金融城1路、陆家嘴金融城2路、陆家嘴金融城3路、陆家嘴金融城4路、周康4路、周康5路恢复运营。

2022年09月18日，浦东杨高川沙分公司所有线路划入浦东金高，由一分公司运营管理。

2022年12月31日，浦东金高1039路（紫雅路陈家沟路新雅路丽雅路）线路延伸，起讫站调整为金粤路锦绣东路新雅路丽雅路。