2015年01月10日，浦东南汇新辟1096路，起讫站为滴水湖地铁站滴水湖馨苑。

2015年09月07日，浦东南汇1096路（滴水湖地铁站滴水湖馨苑）线路延伸，起讫站调整为滴水湖地铁站水华路方竹路。1009路（滴水湖地铁站水华路方竹路）同步调整站点并延伸，起讫站调整为滴水湖地铁站水华路橄榄路。

2022年01月01日，浦东南汇三分公司所有线路划入临港公交运营管理。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，临港公交所有公交线路暂停运营。

2022年05月27日，临港公交1009路、1077路、1096路、浦东56路、浦东91路、申港1路、临港4路、惠芦专线、南临专线恢复运营。

2023年11月06日，为配合滴水湖公交枢纽站施工，临港公交1043路、浦东33路、洋山专线、自贸试验区洋山1线、环湖一路观光线滴水湖地铁站终点站临时调整为云鹃路临港大道；1009路、1096路、申港1路、上海电机学院接驳线终点站滴水湖地铁站临时调整为山兰路临港大道。

2023年12月20日，临港公交1096路（水华路方竹路山兰路临港大道）调整走向，起讫站调整为水华路枢纽站山兰路临港大道。

2024年11月23日，配合滴水湖枢纽站竣工投用，临港公交1043路、浦东33路、洋山专线、临港定制11线、上中东校接驳线云鹃路临港大道首末站；1009路、1096路、申港1路山兰路临港大道首末站迁至滴水湖枢纽站。