1937年07月，抗日战争全面爆发，江南汽车公司车辆被征作军用，1路（下关车站夫子庙）、2路（和平门夫子庙）、3路（京芜车站逸仙桥）、4路（京芜车站澄平码头）、5路（江苏路淮清桥）、6路（玄武门玄武门）暂停运营。

1961年，市公交公司2路（中山码头烈士陵园）实施汽改电，番号同步调整为电车2路。

1965年，为规范市区公共汽电车线路番号，市公交公司电车1路更名为电车31路，电车2路更名为电车32路，电车12路更名为电车33路。

1981年01月，市公交公司电车32路（南京西站雨花台）实施电改汽，番号同步调整为16路。原有配车改行新辟电车32路，起讫站为南京西站南京车站。

1989年04月01日，南京市公交公司整体改制为南京市公共交通总公司。

2010年08月18日，公交总公司16路、49路、111路起讫站由“润泰市场”延伸至新和源装饰城，39路起讫站延伸至雨花台。

2021年02月14日，因建宁西路、热河路道路施工需要，南京西站场站实施临时搬迁，南京公交16路、39路、539路原“南京西站”下客站临时调整至惠民桥。

2022年07月11日，因惠民大道改造工程需要，“南京西站”公交场站临时占用，南京公交10路、39路、Y3路、Y16路、Y18路起讫站调整至江边路总站；16路、21路起讫站调整至中山码头北；539路（泰冯路地铁站惠民桥【上行】/南京西站泰冯路地铁站【下行】）调整走向，起讫站调整为泰冯路地铁站挹江门。

2022年08月06日，因新和源公交场站场地被收回，南京公交16路（新和源装饰城中山码头北）线路延伸，起讫站调整为龙福山庄总站中山码头北；111路、512路起讫站“新和源装饰城”同步更名为凤台南路·梦都大街。