2013年02月01日，浦东杨高大桥六线（香楠路丹桂路交通大学）缩线行驶并更名为1046路。大桥六线区间（张衡路曙光医院交通大学）同步更名为大桥六线。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2023年12月21日，浦东杨高分公司线路归属重新划分：原金桥分公司更名为一分公司，原周浦分公司更名为二分公司，原杨高分公司119路、638路、775路、795路、1019路、1029路、1046路、1083路、浦东36路、浦东89路、浦东112路、花木1路、隧道六线划入一分公司运营管理，原杨高分公司779路、792路、969路、976路、1023路、1042路、1051路、1090路、大桥六线划入二分公司运营管理。