2006年07月18日，公交总公司34路（中山码头新街口北）线路延伸，起讫站调整为中山码头瑞金路；306路（紫鑫中华广场瑞金路）线路延伸，起讫站调整为紫鑫中华广场银城东苑。

2008年07月16日，公交总公司34路（中山码头新街口北）线路延伸，起讫站调整为中山码头石门坎（五洲家居装饰广场）；89路（银城东苑上坊）调整走向，起讫站调整为瑞金路上坊；128路（奥体新城瑞金路）线路延伸，起讫站调整为奥体新城银城东苑；316路（南圩五洲家居装饰广场）调整走向，起讫站调整为南圩瑞金路。

2013年03月30日，江南公交5路（柳营莫愁新寓）调整走向，起讫站调整为南湾营长江路·估衣廊；9路（宁工新寓中山陵停车场）调整走向，起讫站调整为钟灵街宁工新寓；29路（杨庄五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为杨庄莫愁新寓；34路（中山码头石门坎（五洲家居装饰广场））调整走向，起讫站调整为中山码头中山陵停车场并命名为“博爱线”；141路（南湾营南京车站）调整走向，起讫站调整为西花岗南京车站；163路（南湾营长江路）调整走向，起讫站调整为西花岗钟山学院；新辟D9路，起讫站为板桥新城（莲花湖公园）莫愁新寓。

2019年11月01日，因南京公交集团整体改制，原江南公交第五巴士公司负责运营的6路、10路、12路、18路、22路、24路、30路、31路、34路、53路、54路、78路、95路、117路、118路、134路、162路、302路、307路、337路、Y2路、Y9路、Y10路、Y15路整建制并入改制后的第一客运公司（原第一巴士公司）运营管理，第五巴士公司不再保留。

2021年05月01日，南京公交集团第一客运公司3路、10路、12路、31路、34路、53路、63路、134路、134路高峰区间、302路、318路划归第四客运公司运营管理。

2021年12月08日，因郑和中路与中山北路交叉口处污水管线施工，南京公交31路、34路、Y9路、Y10路、Y15路原“中山码头”下客站临时调整至中山码头北。【至2022年3月13日恢复】