1999年10月，配合浦东国际机场一期工程建成通航，空港巴士新辟机场一线、机场二线。

2008年11月01日，空港巴士机场二线调整运价，由单一票价19元上调至22元。

2019年01月08日，空港巴士机场二线调整运价，由单一票价22元上调至24元。

2020年03月23日，根据疫情防控要求，空港巴士机场一线、机场二线、机场四线、机场五线、机场九线、机场环一线、浦东机场守航夜宵线，浦东上南机场七线，浦东南汇机场八线浦东国际机场终点站由T1航站楼调整为T2航站楼。

2020年10月11日，空港巴士机场二线（浦东国际机场城市航站楼(静安寺)）调整走向，起讫站调整为浦东国际机场上海国际贵都大饭店(静安寺)。

2021年03月27日，空港巴士机场二线调整运价，由单一票价24元上调至28元。

2022年03月20日，为加强机场线路的疫情管控，空港巴士机场二线（浦东国际机场上海国际贵都大饭店(静安寺)）调整走向，起讫站调整为浦东国际机场普安路延安东路。

2022年04月01日，根据疫情防控要求，空港巴士机场二线、机场四线、机场五线、机场九线暂停运营。浦东机场守航夜宵线、虹桥机场守航夜宵线浦西地区中途站跳站运营。临时开通火车站串联临时专线，连接虹桥枢纽西交通中心、铁路上海南站南广场、铁路上海站北广场、浦东东方路潍坊路公交枢纽站。

2022年05月22日，空港巴士机场二线、机场四线、机场五线、机场九线恢复运营。

2022年12月25日，空港巴士机场五线停止运营。机场四线起讫站调整为上海火车站(北广场)浦东国际机场（中途停靠：虹口足球场(花园路)、大柏树、五角场）；机场二线调整走向并增加设站（中途停靠：浙江中路延安东路、浦东大道浦东南路(上行)、浦东大道东方路(下行)、浦东大道源深路、浦东大道德平路、张杨路金桥路(上行)、张杨路云山路(下行)）。

2023年11月01日，空港巴士机场一线、机场二线、机场四线、机场九线、机场环一线、浦东机场守航夜宵线，浦东上南机场七线，浦东南汇机场八线浦东国际机场始发站由T2航站楼调整为T1航站楼。

2024年08月25日，空港巴士机场二线停止运营。