2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。

2009年02月15日，第四客运分公司651路（温泉北站西直门）调整中途走向并削减中途站位，首末站不变，同时更名为651路快车。

2011年10月15日，第四客运分公司651路快车（温泉北站西直门）延长为柳林村西直门，同时更名为651路。

2022年05月17日，按照海淀区疫情防控工作要求，途经海淀区的第一客运分公司450路；第三客运分公司62路；第四客运分公司305路、360路、437路、563路、575路、651路、专28路、专147路、374路、专129路采取暂停运营措施；前期采取区间运营措施的第四客运分公司145路、362路、375路、438路、644路、686路改为暂停运营。

2022年06月06日，按照疫情防控工作要求，前期受经海淀区疫情封控影响的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环、450路、604路；第三客运分公司585路；第四客运分公司145路、305路、331路、332路、347路、360路、384路、424路、437路、438路、534路、563路、601路、651路、686路、专12路、专28路、专129路、专144路、专147路、夜8路；电车客运分公司80路、专168路恢复全线运营；第一客运分公司307路；第四客运分公司362路、509路恢复区间运营。