2005年12月16日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划，涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线（城外诚建材城北京站）变更为25路；120路支线（甘露园前门）变更为126路；320路支线（北京西站西苑）变更为319路；373路支线（衙门口公主坟）变更为436路；374路支线（北京西站颐和园南门）变更为437路；413路支线（南十里居单店）变更为424路；417路支线（鲁疃安定门）变更为426路；406路支线（单店十条豁口）变更为431路；605路支线（公主坟西道口）变更为612路，同时调整为马场公主坟；727路支线（北京西站海䴖落）变更为722路；732路支线（颐和园寿宝庄）变更为712路，同时调整为颐和园团河北村；744路支线（王佐站北京站东街）变更为739路；803路支线（二拔子新村安定门）变更为805路；817路支线（杜家坎宝盛里小区）变更为809路；819路支线（宏福苑小区翡翠城小区）路号变更为839路；846路支线（东潞苑小区定慧桥）变更为855路；901路（阜成路黄村火车站）变更为631路，901路快车（阜成路黄村火车站）变更为631路快车；905路（长丰园南站颐和园南门）变更为635路；908路（北京站东街黎各庄）变更为639路；908路支线（北京站东街半壁店）变更为640路；921路（大峪东湖）变更为645路，同时缩短为大峪民族园路；932路（小红庙金五星百货城）变更为650路；941路（恩济西街北苑家园）变更为653路；946路（城外诚建材城定慧桥）变更为654路；946路支线（八里河卫生院）变更为655路，同时调整为方庄南口鹿圈卫生院；953路（左家庄黎各庄）变更为659路；962路（黄村火车站白石桥）变更为660路；965路（五芳园西站黑石头村）变更为663路，同时调整为苹果园南小马厂。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2024年06月23日，为方便乘客出行，北京公交集团92路（北土城公交场站海淀五路居）、414路（海淀五路居北京南站南广场）、653路（北苑家园海淀五路居）、夜3路（海淀五路居青年路小区丨青年路小区地铁海淀五路居站）、夜13路（北京朝阳站海淀五路居）“海淀五路居”站西移约200米，首（末）站调整为“地铁海淀五路居站”。