2012年07月14日，浦东上南584路（上海火车站博山东路龙居路）更名为隧道三线，并实施单一票价2元。原隧道三线（上海火车站上海科技馆地铁站）同步缩线行驶并更名为浦东21路，起讫站调整为锦绣路世纪大道(上海科技馆)浦东大道浦东南路。

2015年03月14日，配合延安东路隧道大修工程施工，01线、455路、隧道三线、隧道六线、隧道九线、隧道夜宵线、新川专线、上川专线、浦东机场守航夜宵线东向西方向由延安东路隧道改走人民路隧道。（至2015年12月25日恢复）

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东上南82路、84路、314路、338路、787路、795路、961路、970路、1008路、1025路、1048路、1115路、1160路、浦东37路、北蔡2路、三林1路、隧道三线恢复运营。

2022年08月20日，浦东上南隧道三线实行无人售票。

2022年12月24日，配合浦东大道地道竣工通车，01线、455路、隧道三线、隧道六线、隧道夜宵线东向西方向由延安东路隧道改走人民路隧道。

2024年04月01日，浦东上南六分公司454路、787路、981路、1007路、1008路、1013路、1115路、1160路、隧道三线、隧道夜宵线划入三分公司运营管理。