2004年07月28日，浦东巴士639路（台儿庄路周浦）调整走向，起讫站调整为东波路周浦。

2008年06月28日，浦东巴士639路（东波路张杨北路周浦）线路延伸，起讫站调整为巨峰路地铁站周浦。

2009年07月01日，浦东巴士（由浦东公交托管）639路实施无人售票，单一票价2元。

2012年06月01日，浦东杨高639路由川沙分公司划归周浦分公司运营管理。

2014年11月29日，浦东杨高639路（周浦巨峰路地铁站）拆分为639路（祝家港路周东路福山路世纪大道）、浦东4路（巨峰路地铁站东建路锦绣路）。

2015年08月28日，浦东杨高639路（祝家港路周东路福山路世纪大道）调整走向，起讫站调整为周园路沈梅东路福山路世纪大道。

2017年08月19日，浦东杨高639路（周园路沈梅东路福山路世纪大道）调整走向，起讫站调整为周秀路瑞建路福山路世纪大道。

2019年01月19日，浦东杨高639路（周秀路瑞建路福山路世纪大道）调整走向，起讫站调整为周秀路瑞建路东方路潍坊路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东杨高313路、343路、581路、639路、640路、777路、798路、988路、991路、1001路、1019路、1020路、1029路、1039路、1046路、1051路、1085路、1090路、1099路、1126路、1129路、1159路、1161路、浦东2路、浦东5路、浦东25路、浦东52路、浦东61路、浦东62路、浦东64路、浦东75路、浦东94路、浦东101路、北蔡1路、川沙3路、花木1路、陆家嘴金融城1路、陆家嘴金融城2路、陆家嘴金融城3路、陆家嘴金融城4路、周康4路、周康5路恢复运营。