2006年12月27日，为配合昆山市汽车客运中心站正式启用，昆山公交新辟昆山88路，起讫站为老客站新客站，昆山3路、昆山103路、昆山117路起讫站由火车站调整为新客站，昆山6路起讫站由中华园调整为新客站，昆山16路起讫站由中大柏庐天下调整为新客站，昆山18路起讫站由百润发调整为新客站，昆山122路、昆山124路、昆山126路起讫站由汽车站调整为新客站。原汽车站更名为老客站。

2008年12月30日，昆山公交昆山88路实现公车公营。

2010年04月27日，昆山公交昆山88路（新客站火车站）调整走向，起讫站调整为新客站火车站南广场。