2006年08月16日，浦东巴士申孙专线更名为990路。

2008年08月01日，浦东巴士990路实施无人售票，单一票价2元。

2010年04月17日，浦东杨高990路（泰东路渡口孙桥（中心路））调整走向，起讫站调整为金桥路地铁站中科路孙环路。

2015年12月19日，浦东杨高990路（金桥路地铁站中科路孙环路）缩线行驶，起讫站调整为香楠路丹桂路中科路孙环路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东杨高85路、573路、614路、636路、774路、779路、792路、799路、971路、989路、990路、992路、1002路、1023路、1024路、1054路、1080路、1091路、1110路、1136路、浦东16路、浦东28路、浦东68路、浦东89路、张江1路、周康9路、周康10路恢复运营。

2022年09月22日，浦东杨高杨高分公司573路、990路划归金桥分公司运营管理。