2014年12月01日，扬子公交新辟Y28路，起讫站为方州广场东傅佐路，经由南京长江大桥运行。

2016年10月28日，为配合长江大桥封闭维修改造，扬子公交502路、551路、555路、Y28路调整经由扬子江隧道运行，510路调整经由南京长江隧道、南京夹江大桥运行，558路、572路、Y29路暂停运行。

2018年01月19日，扬子公交Y28路（方州广场东傅佐路）调整走向，起讫站调整为方州广场东中山北路·鼓楼【上行】/鼓楼公交总站方州广场东【下行】。

2018年12月29日，南京长江大桥恢复通车，扬子公交Y25路、Y28路、Y38路等夜间线路调整经由南京长江大桥运行。

2025年03月01日，南京公交502路、Y28路售票方式由有人售票调整为无人售票，前门刷卡（码）上车、后门刷卡（码）下车。票价由原2.5元、3.5元、4.5元、5.5元下调为2元、3元、4元、5元。