2019年01月14日，曲靖市公共汽车总公司新辟S3路，起讫站为珠江源大剧院潇湘水库。途径站点：珠江源大剧院（起始站）、河滨公园、潇湘新区、南苑小学、红山禅寺、红庙小学、潇湘水库（终到站）。运营时间：6:30—19:30，票价1元。

2020年02月05日，为有效切断新型冠状病毒传播途径，确保人民群众生命安全，根据《中华人民共和国传染病防治法》等法律规定及曲靖市和麒麟区已发布的暂停道路客运班线及其它客运的公告要求，结合省委、省政府公共卫生事件一级响应工作部署及市、区疫情防控工作要求。经研究，曲靖市公共汽车总公司决定暂停和调整曲靖市主城区公交线路，以便防控工作有效开展，自零时起暂停运营：2路、3路、6路、7路、9路、10路、11路、12路、16路、17路、19路、21路、31路、33路、36路、37路、61路、62路、68路、S1路、S3路。保障运营线路：（共7条）1路、4路、5路、22路、23路、32路、K1路，运营时间7:30－18:30（上午7:30－8:30，下午17:30—18:30时段每20分钟一班，其余时段每小时一班），恢复时间视疫情处置情况另行通知。

2020年03月01日，根据曲靖市交通运输系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作领导小组办公室关于企业复工复产和疫情防控的工作部署，结合我市疫情防控现状和客流实际，为更好地满足市民日常公交出行需求，曲靖市公共汽车总公司决定自零时起，全面恢复市区28条（1路、2路、3路、4路、5路、6路、7路、9路、10路、11路、12路、16路、17路、19路、21路、22路、23路、31路、32路、33路、36路、37路、61路、62路、68路、K1路、S1路、S3路）公交线路运营。疫情防控期间，运营时间统一按早7:00开班，晚19:00收班执行。

2022年10月01日，曲靖公交S3路（珠江源大剧院潇湘水库）线路延伸，起讫站调整为潇湘水库车立方（西）。新增站点：市一院住院部、金都国际（北）、经开区税务局、机三厂生活区、西关小学、市交警支队、古城社区、车立方（西）。取消站点：珠江源大剧院（起始站）。线路调整后，运营时间、票制票价不变。