1999年11月13日，昆山公交新辟昆山109路，起讫站为亭林公园南港汽车站。

2011年10月20日，昆山公交昆山109路（亭林公园南港汽车站）线路延伸，起讫站调整为亭林公园甪直汽车站。

2018年11月21日，昆山公交昆山109路（亭林公园黄桥村）调整走向，起讫站调整为火车站北广场黄桥村。

2022年02月14日，受疫情影响，昆山公交昆山C1线、昆山C2线、昆山C3线、昆山C5线、昆山C7线、昆山C8线、昆山C9线、昆山C10线、昆山C11线、示范区6路、昆山121路暂停运营，昆山109路临时调整为火车站北广场望江桥，昆山126路临时调整为汽车客运南站君子亭路环城西路，昆山272路临时调整为巴城小学武神潭。

2022年03月09日，前期受疫情影响暂停运营、缩线运营的昆山公交昆山C1线、昆山C2线、昆山C8线、昆山C9线、昆山C10线、昆山109路、昆山121路、昆山126路、昆山272路恢复正常运营。

2022年03月14日，受疫情影响，昆山公交昆山C1线、昆山C2线、昆山C9线、昆山C10线、昆山121路暂停运营，昆山109路终点由黄桥村临时调整为望江桥，昆山126路终点由朱街首末站东临时调整为君子亭花园，昆山272路终点由莲花村临时调整为武神潭。（至2022年6月3日恢复正常运营）

2022年04月03日，因全员核酸检测需要，近期南港小学老校区公交停车场地用作核酸检测点，昆山公交昆山109路终点由震阳路望江路调整为张浦良渚实验学校，昆山111路终点由震阳路望江路调整为张浦客运站，昆山137路终点由震阳路望江路调整为张浦良渚实验学校，昆山151路暂停运营。

2023年03月01日，受黄娄首末站施工影响，集团吴中公司52路（独墅湖高教区首末站黄桥村）起讫站临时调整为迎宾路独墅湖高教区首末站，528路（黄娄首末站西钟南街首末站南）起讫站临时调整为甫澄北路钟南街首末站南，快线5号（黄娄首末站西星港街东首末站）起讫站临时调整为迎宾路星港街东首末站。昆山公交昆山109路（火车站北广场黄桥村）起讫站临时调整为火车站北广场南港望江路。

2024年03月31日，昆山公交昆山109路（南港望江路火车站北广场）调整走向，起讫站调整为南港望江路白马泾路首末站。昆山125路（张浦良渚实验学校超华商贸城）调整走向，起讫站调整为张浦良渚实验学校同丰路洞庭湖路。昆山105路（石牌中学火车站北广场）调整走向，起讫站调整为石牌中学中医院南。新辟昆山373路（石牌中学新生公交首末站）。

2024年10月06日，因红峰支路、红峰东路施工，昆山104路起讫站由白马泾路首末站临时调整为震川路仓基街，昆山109路起讫站由白马泾路首末站临时调整为超华商贸城。