1994年，烟台市公共交通公司先后开通多条中巴线路：16路中巴（地方港客运站北上坊）、41路中巴（新石路西炮台南路）、42路中巴（幸福小区塔山游乐城）、43路中巴（新石路烟台山）、45路中巴（虹口路南塂）、46路中巴（师范学院宿舍区烟台山）、48路中巴（市公交修理厂虹口路）、49路中巴（新桥小区市建行）；1995年，新辟47路中巴（珠玑小区幸福八村）、52路中巴（青年南路林家疃）、53路中巴（解村莱山区政府）；1996年，新辟12路中巴（火车站奇山小区）、15路中巴（惠安小区长城宾馆）、44路中巴（福斯达纸业名人俱乐部）。

2004年05月26日，烟台城市公交总公司实行41路中巴退市项目，线路拆分为41路大巴、45路两条大巴线路，41路大巴起讫站为大信药业（幸福十二村）塔山游乐城，45路起讫站为新石路烟台山。

2009年07月，为配合福泰公交场站投入使用，烟台公交2路（幸福八村奇山小区）线路延伸，起讫站调整为福泰公交场站奇山小区；26路（幸福九村汽车西站）线路延伸，起讫站调整为福泰公交场站汽车西站；41路（航天513所海滨小区）线路延伸，起讫站调整为福泰公交场站海滨小区；42路（幸福九村塔山游乐城）线路延伸，起讫站调整为福泰公交场站塔山游乐城；47路（幸福八村塔山游乐城）线路延伸，起讫站调整为福泰公交场站塔山游乐城。

2011年06月03日，烟台公交新购置的28辆黄海DD6109S28型CNG公交车辆，正式在41路、82路上线运营。

2011年08月13日，烟台公交41路（福泰公交场站海滨小区）缩线行驶，起讫站调整为航天513所海滨小区。

2013年04月19日，烟台公交41路（航天513所海滨小区）线路延伸，起讫站调整为福泰公交场站海滨小区。

2025年01月18日，烟台公交新购置的34辆亚星JS6709GHBEV型空调纯电动公交车辆，正式在41路、78路（含区间）、105路上线运营。