1994年，烟台市公共交通公司先后开通多条中巴线路：16路中巴（地方港客运站北上坊）、41路中巴（新石路西炮台南路）、42路中巴（幸福小区塔山游乐城）、43路中巴（新石路烟台山）、45路中巴（虹口路南塂）、46路中巴（师范学院宿舍区烟台山）、48路中巴（市公交修理厂虹口路）、49路中巴（新桥小区市建行）；1995年，新辟47路中巴（珠玑小区幸福八村）、52路中巴（青年南路林家疃）、53路中巴（解村莱山区政府）；1996年，新辟12路中巴（火车站奇山小区）、15路中巴（惠安小区长城宾馆）、44路中巴（福斯达纸业名人俱乐部）。

2004年05月26日，烟台城市公交总公司实行41路中巴退市项目，线路拆分为41路大巴、45路两条大巴线路，41路大巴起讫站为大信药业（幸福十二村）塔山游乐城，45路起讫站为新石路烟台山。

2007年01月12日，烟台城市公交总公司45路（金晖花园烟台山）线路延伸，起讫站调整为金晖花园海滨小区。

2009年09月28日，烟台公交45路（金晖花园海滨小区）线路延伸，起讫站调整为开元公交场站两甲埠。

2009年11月15日，烟台公交新辟86路，起讫站为曲家庄火车站北广场；45路（开元公交场站两甲埠）线路延伸，起讫站调整为开元公交场站东马家都；5路马家都线、53路石家疃线停止运营。

2010年09月12日，烟台公交45路（开元公交场站塔山游乐城）调整走向，起讫站调整为中石化加油站（后更名为新桥）东马家都。

2014年09月，烟台公交新购置的18辆扬子江WG6100NHM4型CNG公交车辆，正式在45路上线运营。

2014年12月28日，烟台公交45路（新桥东马家都）线路延伸，起讫站调整为新桥城铁南站。

2025年01月18日，烟台公交新购置的30辆宇通ZK6816BEVG23L型空调纯电动公交车辆，正式在44路、45路、201路、207路（含区间）上线运营。