2018年11月，恒基客运对部分线路路号进行调整。通20路路号变更为通67路，通25路路号变更为T66路，通32路路号变更为T69路，通12路专线路号变更为T68路，通14路专线路号变更为T64路，通15路路号变更为T73路，通18路路号变更为T65路，通27路路号变更为T72路，通46路路号变更为T71路。

2022年06月01日，为落实市委、市政府提升通州区域公交服务水平的要求，推动通州区域公交资源整合和经营体制机制改革，实现通州区域公交线网进一步优化，公共交通覆盖率进一步提高，进一步实现北京地面公交一体化，按照《通州区域公交承接总体协议》规定，北京市恒基客运公司有限公司通1路、通2路、通3路、通3路支线、通4路、通5路、通6路、通7路、通8路、通9路、通10路、通11路、通12路、通13路、通13路支线、通14路、通16路、通18路、通19路、通19路支线、通21路、通22路、通23路、通23路支线、通26路、通28路、通28路支线、通31路、通34路、通36路、通37路、通38路、通39路、通40路、通40路支线、通41路、通42路、通43路、通44路、通45路、通48路、通49路、通50路、通51路、通52路、通53路、通54路、通56路、通58路、通60路、通61路、通62路、通63路、通64路、通65路、通66路、通67路、通68路、通69路、通70路、通71路、通72路、通73路、通75路、通76路、通77路、通78路、郊86路、郊87路、郊90路划归北京公交集团城市副中心客运有限公司继续运营。其中郊86路更名为通86路，郊87路更名为通87路，郊90路更名为通90路。