2002年07月07日，为配合沪闵路高架工程建设，缓解徐家汇地区交通，上奉线、沪兴线、沪泖线、沪浜线、上邵线、沪廊线、申金线、申南线调整至莘庄地铁南广场，分别更名为莘奉线、莘枫线、莘泖线、莘浜线、莘邵线、莘廊线、莘金线、莘南线；沪奉线、沪金线、申卫线、申师线、申廊线、沪钱线调整至外环路地铁站，分别更名为外奉线、外金线、外卫线、外师线、外廊线、外钱线；沪金线、申枫线、庄徐线、沪石线、沪漕线、沪卫线、沪山线调整至莲花路站，分别更名为莲金线、莲枫线、莲徐线、莲石线、莲漕线、莲卫线、莲山线。

2007年04月11日，巴士新新莲卫专线、莲石专线、莲山专线（已停运）、莲漕专线（已停运）、外金专线（已停运）线路经营权转让，由先前托管公司锦山客运继续运营管理。

2012年02月01日，锦山客运莲漕专线恢复运营，并调整为全程高速线。实行无人售票，单一票价10元。

2020年08月02日，锦山客运莲漕专线恢复核定票价，由单一票价10元上调至11元。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，锦山客运所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，金山巴士、锦山客运所有跨区线路恢复运营（青枫专线除外）；虹桥枢纽7路恢复原走向行驶。

2023年08月12日，锦山客运莲漕专线（莲花路地铁站北广场漕泾）漕泾首末站迁至漕泾公交枢纽站（中一东路浦卫公路路口东北角漕泾社区卫生服务中心枢纽站内）。