2005年05月10日，浦东巴士640路（兰陵路高桥）调整走向，起讫站调整为南码头渡口高桥。

2008年01月08日，浦东巴士640路（高桥南码头渡口）线路延伸，起讫站调整为港城路地铁站南码头渡口。

2012年08月01日，浦东杨高640路实施无人售票，单一票价2元。

2017年04月26日，浦东杨高640路（港城路地铁站南码头渡口）线路延伸，起讫站调整为港城路地铁站龙阳路世博大道。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东杨高313路、343路、581路、639路、640路、777路、798路、988路、991路、1001路、1019路、1020路、1029路、1039路、1046路、1051路、1085路、1090路、1099路、1126路、1129路、1159路、1161路、浦东2路、浦东5路、浦东25路、浦东52路、浦东61路、浦东62路、浦东64路、浦东75路、浦东94路、浦东101路、北蔡1路、川沙3路、花木1路、陆家嘴金融城1路、陆家嘴金融城2路、陆家嘴金融城3路、陆家嘴金融城4路、周康4路、周康5路恢复运营。