2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。

2008年04月30日，第五客运分公司439路（十里河桥东百子湾火车站）调整为十里河桥东百子湾。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2022年05月04日，按照朝阳区疫情防控工作要求，朝阳区朝阳路以南（不含朝阳路）的第一客运分公司439路；第二客运分公司11路、28路、29路、31路、98路、138路、348路、363路、382路、397路、455路、457路、475路、513路、532路、535路、561路、637路、638路、临6路、夜19路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司93路、352路、378路；第五客运分公司865路、985路、990路、995路；第九客运分公司定制公交003XX、定制公交004XX、定制公交008XX、定制公交014XX、定制公交015XX、定制公交016XX、定制公交017XX、定制公交020XX、定制公交046XX、定制公交047XX、定制公交056XX、定制公交057XX、定制公交060XX、定制公交066XX、定制公交069XX、定制公交070XX、定制公交075XX、定制公交076XX、定制公交079XX、定制公交083XX、定制公交085XX、定制公交096XX、定制公交099XX、定制公交100XX、定制公交101XX、定制公交105XX、定制公交114XX、定制公交129XX、定制公交134XX、定制公交135XX、定制公交166XX、定制公交176XX、定制公交177XX、定制公交182XX、定制公交195XX、定制公交201XX、定制公交202XX、定制公交203XX、定制公交204XX、定制公交210XX、定制公交211XX、定制公交216XX、定制公交272XX、定制公交280XX、定制公交286XX、定制公交322XX、定制公交331XX、定制公交388XX、定制公交398XX、巡游定制公交[小红门]、巡游定制公交[望京]；电车客运分公司36路采取暂停运营措施；第一客运分公司657路；第二客运分公司8路、23路、34路、35路、41路、53路、58路、63路、126路、312路、322路、364路、388路、402路、403路、405路、411路、440路、451路、468路、486路、488路、496路、506路、517路、553路、605路、615路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、671路、690路、夜25路、夜27路、夜29路、专141路；第三客运分公司54路、72路、602路、680路、夜7路、夜23路、专161路、专162路；第四客运分公司1路、52路、57路、夜1路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、818路、846路、975路、976路、986路；第六客运分公司848路；第七客运分公司973路、988路、989路；电车客运分公司25路、71路、113路、128路采取区间运营措施。

2022年05月29日，按照疫情防控工作要求，前期受朝阳区疫情管控影响的途经朝阳区南部（朝阳路以南区域）的第一客运分公司439路、657路；第二客运分公司8路、11路、23路、28路、29路、31路、34路、35路、41路、58路、63路、98路、126路、138路、312路、322路、348路、363路、364路、382路、388路、397路、402路、403路、405路、411路、439路、451路、455路、457路、468路、475路、486路、488路、496路、506路、517路、532路、535路、553路、605路、615路、637路、638路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、690路、临6路、夜19路、夜25路、夜27路、夜29路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专141路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司378路、专19路、680路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、846路、865路、975路、976路、995路、985路；第六客运分公司848路；第七客运分公司988路、989路；电车客运分公司36路、113路恢复全线正常运营。