2004年08月06日，浦东大众621路更名为961路。

2006年09月30日，浦东大众961路孙桥农业园区终点站调整至沔北路军民路。

2013年01月12日，浦东金高961路实施无人售票，单一票价2元。

2015年12月26日，浦东上南785路划归浦东金高运营管理。浦东金高961路划归浦东上南运营管理。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东上南82路、84路、314路、338路、787路、795路、961路、970路、1008路、1025路、1048路、1115路、1160路、浦东37路、北蔡2路、三林1路、隧道三线恢复运营。