2000年07月28日，公交总公司新辟89路，起讫站为瑞金路上坊；90路，起讫站为宝善寺瑞金路。

2001年，公交总公司89路（瑞金路上坊）调整走向，起讫站调整为富丽山庄上坊；90路（宝善寺瑞金路）调整走向，起讫站调整为宝善寺富丽山庄。

2002年11月18日，公交总公司90路（宝善寺富丽山庄）调整走向，起讫站调整为宝善寺环北市场。

2011年10月26日，公交总公司90路（宝善寺（南京机电学院）环北市场）缩线行驶，因连接高桥门至上坊的上高线道路破损严重，不具备车辆安全通行条件，该路段已实施封闭改造，根据封闭施工期间的交通组织方案，起讫站临时调整为杨庄环北市场。（至2012年1月15日恢复）

2021年10月23日，为填补天宇路及周边公交线路空白，同时结合定林场站规划，南京公交90路（宝善寺（南京机电学院）白下路·大中桥【上行】/建康路·大中桥宝善寺（南京机电学院）【下行】）调整走向，起讫站调整为定林总站光华门；90路区间（宝善寺善司庙）调整走向，起讫站调整为定林总站光华门。