2003年04月01日，由于长期缺乏专业管理，大部分车辆常年不按核定线路运营且无固定的发车时刻表，亚通客运牛堡线、南牛专线交由崇明大众统一承包管理。后两线均归并入复线的常规线路。亚通客运共计八台营运车辆分配至崇明大众其他线路继续运营，由崇明大众统筹调动。

2020年04月11日，崇明巴士南建专线临时改道，桥鼻港桥至三星镇各车站不再停靠，同步新辟南建专线短驳（新建水闸协进村）。南新专线临时拆分为南新专线区间（南门汽车站友爱商店（无为寺））、南新专线短驳（新海农场协进村）。另新辟崇明乡村11路区间（草棚镇安南村）以解决草棚镇居民出行问题。（至2020年09月01日恢复）

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士城桥4路、南牛线、南跃线、南海线、南堡支线、南建专线、1712路、1713路、堡红线、堡四线、堡七线、堡陈专线、长兴1路、长兴3路、横沙3路、崇明东滩1路、崇明东滩3路恢复运营。