2012年03月01日，怀柔分公司996路（平西王府公交场站肖村桥西）拆分为996路（平西王府公交场站地铁西二旗站）和990路（小红门牌坊村地铁公益西桥站）。

2016年06月26日，天桥分公司、大兴分公司合并为大兴分公司；延庆分公司、河滩分公司合并为延庆分公司；东直门分公司、怀柔分公司合并为东直门分公司。同时，原大兴分公司825路、826路、828路、841路、846路、849路、926路、940路、943路、953路、975路、976路、997路、文安专线、固安专线、固安1路、固安2路、固安3路、固安4路、通勤采育划转至通州分公司运营。原怀柔分公司860路、865路、905路、922路、966路、984路、985路、990路、996路、天通苑通勤快车[金融街]、天通苑通勤快车[国贸]、天通苑通勤快车[中关村]划转至延庆分公司运营。

2016年07月26日，延庆分公司996路（平西王府公交场站地铁西二旗站）缩短为平西王府公交场站地铁龙泽站。