1999年04月01日，经市政府批准，北京市大型物资运输公司、北京市通达汽车公司共同投资创办北京市第一家由社会兴办的股份制城市公交客运企业北京运通客运有限公司。于同日新辟运通101线（望京新城三义庙）、运通102线（六里桥长途站赵公口长途站）、运通103线（西直门长途站大红门服装城）。

2002年10月20日，运通客运运通101线（望京新城三义庙）延长为望京新城蓝龙小区。

2015年11月28日，因蓝龙家园公交场站迁移到城子公交场站，祥龙公交运通101线（广顺南大街北口蓝龙家园）、运通112线（蓝龙家园史各庄）、运通116线（蓝龙家园苹果园南路东口）三条线路的首（末）站由蓝龙家园调整为城子。

2019年08月01日，由于北京祥龙资产经营有限责任公司重组，道路旅客运输资质停止，其所属的道路客运企业北京祥龙公交客运有限公司和北京祥龙出租客运有限公司全部划归北京公共交通控股（集团）有限公司管理。其中北京祥龙公交客运有限公司运营的运通101线、运通101线快车、运通102线、运通103线、运通104线、运通105线、运通106线、运通107线、运通107线快车、运通108线、运通109线、运通110线、运通111线、运通112线、运通113线、运通114线、运通115线、运通116线、运通117线、运通118线、运通119线、运通120线、运通121线、运通122线、运通123线、运通124线、运通125线、运通126线、运通127线、运通128线、运通129线、运通201线、运通202线、运通205线由北京公共交通控股（集团）有限公司新成立祥龙客运分公司管理并继续运营。

2020年01月01日，祥龙客运分公司裁撤，原公司线路划转至其他分公司运营。运通101线、运通101线快车划转至第八客运分公司并更名为921路、921路快车，运通102线划转至第三客运分公司并更名为62路，运通103线划转至第四客运分公司并更名为603路，运通104线划转至第一客运分公司并更名为604路，运通105线划转至第四客运分公司并更名为305路，运通106线划转至第四客运分公司并更名为686路，运通107线、运通107线快车划转至第三客运分公司并更名为687路、687路快车，运通108线划转至第四客运分公司并更名为608路，运通109线划转至第四客运分公司并更名为609路，运通110线划转至第一客运分公司并更名为450路，运通111线划转至第二客运分公司并更名为451路，运通112线划转至第八客运分公司并更名为932路，运通113线划转至第一客运分公司并更名为613路，运通114线划转至第四客运分公司并更名为644路，运通115线划转至第三客运分公司并更名为685路，运通116线划转至第八客运分公司并更名为876路，运通117线划转至第一客运分公司并更名为617路，运通118线划转至第四客运分公司并更名为688路，运通119线划转至第四客运分公司并更名为专139路，运通120线划转至第四客运分公司并更名为420路，运通121线划转至第二客运分公司并更名为专141路，运通122线划转至第二客运分公司并更名为专142路，运通123线划转至第四客运分公司并更名为623路，运通124线划转至第四客运分公司并更名为424路，运通125线划转至第三客运分公司并更名为专145路，运通126线划转至第四客运分公司并更名为626路，运通127线划转至第四客运分公司并更名为专147路，运通128线划转至第一客运分公司并更名为628路，运通129线划转至第三客运分公司并更名为专149路，运通201线划转至第一客运分公司并更名为491路，运通202线划转至第三客运分公司并更名为492路，运通205线划转至第四客运分公司并更名为495路。各线路首末班、走向均不作调整。原"祥龙公交公司"站更名为"田村半壁店东"。