2007年09月28日，宝山巴士新辟横沙1路、横沙2路、圆渡线。

2010年04月01日，宝山巴士崇明县区域线路（凤圆线、凤潘线、圆渡线、横新线、横沙1路、横沙2路）划归崇明巴士，由四分公司运营管理。

2012年01月10日，崇明巴士凤潘线（同步更名为长兴3路）、凤圆线（同步更名为长兴2路）、长兴1路、横新线（同步更名为横沙3路）、横沙1路、横沙2路调整票价为单一2元。

2020年02月19日，配合上海市疫情防控措施，崇明巴士横沙2路、横沙3路临时停运。2020年03月26日恢复。

2020年07月24日，配合横沙地区民东路建东河附近施工，崇明巴士横沙2路临时调整走向，线路拆分为横沙2路区间（横沙码头民东路场部）、横沙2路短驳线（横沙码头民东路场部）。横沙2路短驳线部分班次为横沙汽车站民东路场部区间。至2020年12月31日恢复。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月18日，崇明巴士1711路、1731路、横沙2路、南堡专线、南新专线、南红专线恢复运营。