2000年08月28日，公交总公司新辟88路，起讫站为大定坊双桥门。

2005年06月18日，公交总公司88路（大定坊双桥门）线路延伸，起讫站调整为韩府山庄双桥门。

2019年11月01日，南京公交集团第三客运公司26路、46路、61路、75路、87路、88路、98路、99路、103路、108路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第四客运公司运营管理。

2021年05月01日，南京公交集团第四客运公司26路、44路、46路、61路、75路、88路、98路、99路、103路、111路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第三客运公司运营管理。