2014年09月05日，浦东杨高张江南环线调整走向并更名为1090路。

2019年07月22日，浦东杨高1090路调整为早晚高峰线模式运营。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东杨高313路、343路、581路、639路、640路、777路、798路、988路、991路、1001路、1019路、1020路、1029路、1039路、1046路、1051路、1085路、1090路、1099路、1126路、1129路、1159路、1161路、浦东2路、浦东5路、浦东25路、浦东52路、浦东61路、浦东62路、浦东64路、浦东75路、浦东94路、浦东101路、北蔡1路、川沙3路、花木1路、陆家嘴金融城1路、陆家嘴金融城2路、陆家嘴金融城3路、陆家嘴金融城4路、周康4路、周康5路恢复运营。

2023年12月21日，浦东杨高分公司线路归属重新划分：原金桥分公司更名为一分公司，原周浦分公司更名为二分公司，原杨高分公司119路、638路、775路、795路、1019路、1029路、1046路、1083路、浦东36路、浦东89路、浦东112路、花木1路、隧道六线划入一分公司运营管理，原杨高分公司779路、792路、969路、976路、1023路、1042路、1051路、1090路、大桥六线划入二分公司运营管理。