2007年10月13日，配合南汇汽车站整修工程，浦东巴士沪南线终点站调整至丰海路人民东路（南汇长途客运站），大众金山石南专线、大众奉贤奉南线终点站调整至人民东路川南奉公路，南汇大众塘南专线、大众百通塘南专线终点站调整至南汇大众总站。（至2008年02月26日恢复）

2009年09月20日，南汇大众（由浦东公交托管）塘南专线（塘桥渡口南汇汽车站）停止运营，全部配车划归浦东巴士以增能沪南线方便乘客出行。

2011年11月15日，浦东杨高沪南线、周南线、南南线调整为由芦潮港分公司、杨高分公司运营管理。

2011年12月，浦东杨高（芦潮港分公司）、浦东南汇资产重组。原浦东杨高（芦潮港分公司）全部线路、浦东杨高（周浦分公司）部分线路并入浦东南汇，沪南线、周南线、南南线由浦东杨高、浦东南汇共同运营。原浦东南汇周康地区村村通公交同步划归浦东杨高（周浦分公司）运营。

2014年12月31日，浦东杨高退出沪南线合营，沪南线由浦东南汇单独运营管理。

2017年08月01日，浦东南汇沪南线惠南地铁站终点站调整至枢纽站内。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东南汇1038路、1069路、1108路、1127路、1138路、1162路、浦东7路、浦东9路、浦东23路、浦东24路、浦东30路、浦东31路、浦东34路、浦东51路、浦东55路、浦东69路、浦东70路、浦东79路、浦东92路、浦东96路、浦东104路、惠南3路、惠南4路、航头4路、祝桥2路、沪南线恢复运营。