2009年07月16日，浦东巴士（由浦东公交托管）新辟南南线，起讫站为上海南站(南广场)南汇汽车站。

2011年11月15日，浦东杨高沪南线、周南线、南南线调整为由芦潮港分公司、杨高分公司运营管理。

2011年12月，浦东杨高（芦潮港分公司）、浦东南汇资产重组。原浦东杨高（芦潮港分公司）全部线路、浦东杨高（周浦分公司）部分线路并入浦东南汇，沪南线、周南线、南南线由浦东杨高、浦东南汇共同运营。原浦东南汇周康地区村村通公交同步划归浦东杨高（周浦分公司）运营。

2012年01月08日，浦东杨高南南线线路资质划归浦东南汇，运营方式不变。浦东杨高南南线B线同步更名为南川线。

2014年11月01日，浦东杨高退出南南线合营，南南线由浦东南汇单独运营管理。

2017年12月09日，浦东南汇南南线（南汇汽车站上海南站南广场）调整走向，线路拆分为南南线（申迪南路南公交枢纽上海南站南广场）、惠川线（惠南地铁站申迪南路南公交枢纽）。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年06月01日，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）所有线路恢复运营。

2023年06月01日，浦东南汇部分线路分公司调整：一分公司1038路、1082路、惠南10路、南南线划入二分公司，浦东98路划入六分公司；二分公司浦东30路、浦东31路、浦东79路划入一分公司，浦东70路划入五分公司；六分公司1070路、1137路、1138路、惠南2路、惠南3路、惠南4路、惠南6路、惠南8路、南园1路划入一分公司，浦东57路划入二分公司。

2024年03月01日，浦东南汇分公司线路归属重新划分：原一分、二分公司合并成立惠南分公司，原五分公司更名为川沙分公司，原六分公司更名为新场分公司。原一分公司806路、1062路、1070路、1137路、1138路、南园1路、大团2路、惠南2路、惠南3路、惠南4路、惠南6路、惠南8路、浦东105路划入新场分公司，原二分公司840路、浦东92路、南南线划入川沙分公司，原二分公司浦东57路、浦东96路划入新场分公司。