2003年01月20日，德外分公司新辟988路（马泉营菜户营）。

2005年09月26日，德外分公司988路（马泉营菜户营）延长为马泉营大瓦窑。

2010年02月28日，德外分公司解散，所属线路划转至其他公司运营。通州分公司接收991路；东直门分公司接收913路、939路、944路、944路支线、973路、988路；延庆分公司接收947路、949路；河滩分公司接收909路、963路、982路。同时，天桥分公司976路、976路区间、976路区间快车、997路划转至大兴分公司；东直门分公司970路、980路、980路快车、987路、前火岭专线、不老屯专线、四合堂专线划转至怀柔分公司。

2012年12月01日，东直门分公司988路（马泉营菜户营桥西）延长为孙河公交场站菜户营桥西，989路（马坡四惠枢纽站）缩短为顺义半壁店四惠枢纽站。

2014年04月26日，八方达客运833路（河北庄良乡北关）延长为河北庄送变电公司路口西；846路（马驹桥西大北窑南）调整为杨秀店大北窑南；939路（上辛堡信用社北太平桥西）调整为上辛堡信用社坝河；971路（坨里良乡佳仕苑）调整为坨里良乡梨村公交场站；987路（东直门外云龙涧景区）调整为望京西站云龙涧风景区；988路（孙河公交场站菜户营桥西）调整为马泉营菜户营桥西。

2015年08月17日，东直门分公司988路（马泉营菜户营桥西）缩短为马泉营四惠枢纽站；替代原988路部分走向，第二客运分公司631路（航天桥南黄村火车站）调整为黄村火车站菜户营桥西。

2022年05月04日，按照朝阳区疫情防控工作要求，朝阳区朝阳路以南（不含朝阳路）的第一客运分公司439路；第二客运分公司11路、28路、29路、31路、98路、138路、348路、363路、382路、397路、455路、457路、475路、513路、532路、535路、561路、637路、638路、临6路、夜19路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司93路、352路、378路；第五客运分公司865路、985路、990路、995路；第九客运分公司定制公交003XX、定制公交004XX、定制公交008XX、定制公交014XX、定制公交015XX、定制公交016XX、定制公交017XX、定制公交020XX、定制公交046XX、定制公交047XX、定制公交056XX、定制公交057XX、定制公交060XX、定制公交066XX、定制公交069XX、定制公交070XX、定制公交075XX、定制公交076XX、定制公交079XX、定制公交083XX、定制公交085XX、定制公交096XX、定制公交099XX、定制公交100XX、定制公交101XX、定制公交105XX、定制公交114XX、定制公交129XX、定制公交134XX、定制公交135XX、定制公交166XX、定制公交176XX、定制公交177XX、定制公交182XX、定制公交195XX、定制公交201XX、定制公交202XX、定制公交203XX、定制公交204XX、定制公交210XX、定制公交211XX、定制公交216XX、定制公交272XX、定制公交280XX、定制公交286XX、定制公交322XX、定制公交331XX、定制公交388XX、定制公交398XX、巡游定制公交[小红门]、巡游定制公交[望京]；电车客运分公司36路采取暂停运营措施；第一客运分公司657路；第二客运分公司8路、23路、34路、35路、41路、53路、58路、63路、126路、312路、322路、364路、388路、402路、403路、405路、411路、440路、451路、468路、486路、488路、496路、506路、517路、553路、605路、615路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、671路、690路、夜25路、夜27路、夜29路、专141路；第三客运分公司54路、72路、602路、680路、夜7路、夜23路、专161路、专162路；第四客运分公司1路、52路、57路、夜1路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、818路、846路、975路、976路、986路；第六客运分公司848路；第七客运分公司973路、988路、989路；电车客运分公司25路、71路、113路、128路采取区间运营措施。

2022年05月29日，按照疫情防控工作要求，前期受朝阳区疫情管控影响的途经朝阳区南部（朝阳路以南区域）的第一客运分公司439路、657路；第二客运分公司8路、11路、23路、28路、29路、31路、34路、35路、41路、58路、63路、98路、126路、138路、312路、322路、348路、363路、364路、382路、388路、397路、402路、403路、405路、411路、439路、451路、455路、457路、468路、475路、486路、488路、496路、506路、517路、532路、535路、553路、605路、615路、637路、638路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、690路、临6路、夜19路、夜25路、夜27路、夜29路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专141路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司378路、专19路、680路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、846路、865路、975路、976路、995路、985路；第六客运分公司848路；第七客运分公司988路、989路；电车客运分公司36路、113路恢复全线正常运营。