2012年08月27日，浦东南汇惠南9路线路延伸并更名为1038路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东南汇1038路、1069路、1108路、1127路、1138路、1162路、浦东7路、浦东9路、浦东23路、浦东24路、浦东30路、浦东31路、浦东34路、浦东51路、浦东55路、浦东69路、浦东70路、浦东79路、浦东92路、浦东96路、浦东104路、惠南3路、惠南4路、航头4路、祝桥2路、沪南线恢复运营。

2023年06月01日，浦东南汇部分线路分公司调整：一分公司1038路、1082路、惠南10路、南南线划入二分公司，浦东98路划入六分公司；二分公司浦东30路、浦东31路、浦东79路划入一分公司，浦东70路划入五分公司；六分公司1070路、1137路、1138路、惠南2路、惠南3路、惠南4路、惠南6路、惠南8路、南园1路划入一分公司，浦东57路划入二分公司。