2015年02月17日，崇明巴士新辟横长线，起讫站为横沙岛汽车站长兴岛枢纽站。本线采取水陆联运模式运营，票价为车票4元+长横对江渡客票5元。

2020年08月30日，配合长兴岛汽车站（凤舞路18号）投入使用，崇明巴士长兴1路、长兴2路、长兴3路、长兴4路终点站由马家港调整至长兴岛汽车站。长南线、陈凤线、横长线、申崇五线终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。崇明巴士浦东金高合营线路申崇四线、申崇四线区间终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。

2022年01月01日，配合长横对江渡客票单向收费方案实施，崇明巴士横长线长横对江渡售票方式由渡口现场出售5元单程票调整为往横沙方向长横渡口现场出售10元往返票。

2022年03月22日，根据疫情防控要求，崇明巴士1731路、长兴1路、长兴2路、陈凤线、长南线、横长线暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。