2014年10月20日，昆明公交集团新辟Z39路，起讫站为羊甫车场彩云北路口（珥季路地铁站）。 途径站点：羊甫车场（起始站）、羊甫村、科技孵化区、郭家小村路口、郭家小村、小板桥西廊村、小板桥农贸市场、小板桥、珥季路、珥季路中段、彩云北路口（珥季路地铁站）（终到站）。运营时间：7:00—18:00，票价一元，使用IC卡。

2015年03月15日，昆明公交集团Z39路停止运营。

2019年01月01日，昆明公交集团新辟Z39路，起讫站调整为大观楼车场大观楼南园。

2019年10月19日，昆明公交集团107路、Z39路（大观楼车场大观楼南园）、Z68路、D35路停止运营。

2019年12月01日，昆明公交集团新辟Z39路，起讫站调整为西北部公交枢纽站（小屯路）水节箐新村下段。途径站点：西北部公交枢纽站（小屯路）（起始站）、西北部公交枢纽站（陈家营路）（去）、沙河路口（陈家营路）、金川路口（陈家营路）（回）、陈家营路口（金川路）、金川路口（王筇路）（去）、沙河路口（五华吾悦广场）、科普路口（云南国茶港公司）（去）、小屯路口（云南国茶港公司）（回）、王筇路东口、普吉街道办事处、公交西部修理公司（普吉路）、普吉农贸市场、普吉、大普吉村、水节箐新村中段、水节箐新村下段（终到站）。运营时间：7:00—19:00，票价一元，使用IC卡。

2021年04月，昆明公交集团K10路、K32路、K35路、K36路甲线、K36路乙线、K37路、K39路、K40路、K43路、K45路、Z37路、Z39路、Z50路、Z76路、Z104路、Z107路、Z117路、C25路停止运营。