2006年11月15日，北京公交集团实施第三批优化公交线网方案，新奥客运分公司839路（宏福苑小区翡翠城小区）拆分为839路（宏福苑小区和平东桥）和474路（翡翠城小区菜户营桥东），839路区间（前门翠海明苑）缩短为翠海明苑玉泉营桥南同时更名为474路区间。

2007年11月26日，专线客运分公司61路（五路桥东阜成门）延长为五路桥东阜成门内，同时划转至电车客运分公司；479路划转至新奥客运分公司。新奥客运分公司474路（474路区间）、483路划转至第二客运分公司；475路划转至专线客运分公司。

2008年08月01日，配合北京南站南广场公交枢纽启用，第二客运分公司474路区间（翠海明苑玉泉营桥南）延长为翠海明苑北京南站南广场，同时更名为529路；652路（开发区交通服务中心石榴园东区）调整为开发区交通服务中心北京南站南广场；新辟北京南站临线（北京南站北京南站南广场）；第三客运分公司新辟72路（北京南站南广场北京西站南广场）；双层客运分公司特5路（香泉环岛北京南站）调整为香泉环岛北京南站南广场。