2005年12月16日,按照统一规范公交线路路号和站名的计划,北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划,涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线(城外诚建材城北京站)变更为25路;120路支线(甘露园前门)变更为126路;320路支线(北京西站西苑)变更为319路;373路支线(衙门口公主坟)变更为436路;374路支线(北京西站颐和园南门)变更为437路;413路支线(南十里居单店)变更为424路;417路支线(鲁疃安定门)变更为426路;406路支线(单店十条豁口)变更为431路;605路支线(公主坟西道口)变更为612路,同时调整为马场公主坟;727路支线(北京西站海䴖落)变更为722路;732路支线(颐和园寿宝庄)变更为712路,同时调整为颐和园团河北村;744路支线(王佐站北京站东街)变更为739路;803路支线(二拔子新村安定门)变更为805路;817路支线(杜家坎宝盛里小区)变更为809路;819路支线(宏福苑小区翡翠城小区)路号变更为839路;846路支线(东潞苑小区定慧桥)变更为855路;901路(阜成路黄村火车站)变更为631路,901路快车(阜成路黄村火车站)变更为631路快车;905路(长丰园南站颐和园南门)变更为635路;908路(北京站东街黎各庄)变更为639路;908路支线(北京站东街半壁店)变更为640路;921路(大峪东湖)变更为645路,同时缩短为大峪民族园路;932路(小红庙金五星百货城)变更为650路;941路(恩济西街北苑家园)变更为653路;946路(城外诚建材城定慧桥)变更为654路;946路支线(八里河卫生院)变更为655路,同时调整为方庄南口鹿圈卫生院;953路(左家庄黎各庄)变更为659路;962路(黄村火车站白石桥)变更为660路;965路(五芳园西站黑石头村)变更为663路,同时调整为苹果园南小马厂。
2006年11月15日,北京公交集团实施第三批优化公交线网方案,新奥客运分公司839路(宏福苑小区翡翠城小区)拆分为839路(宏福苑小区和平东桥)和474路(翡翠城小区菜户营桥东),839路区间(前门翠海明苑)缩短为翠海明苑玉泉营桥南同时更名为474路区间。
2010年01月26日,第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司;8路、42路、60路划转至电车客运分公司;305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司;300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司;10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司;359路划转至第七客运分公司;300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司;356路、480路划转至第三客运分公司;58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司;104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司;410路、456路划转至第二客运分公司;411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司,477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司;509路、518路划转至第四客运分公司;75路、635路、718路划转至第五客运分公司;64路、611路、612路划转至第六客运分公司;605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司;457路、561路划转至第五客运分公司;802路划转至第六客运分公司;467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司;678路、692路划转至第三客运分公司;489路、746路划转至第四客运分公司;527路、728路划转至第六客运分公司;707路划转至第七客运分公司。
2010年07月26日,北京公交集团针对一批线路进行路号调整,809路(晓月苑小区外文印刷厂西门)路号变更为77路,617路(鲁谷公交场站广安门)路号变更为78路,619路(鲁谷公交场站保福寺桥西)路号变更为79路,606路(东湖北官厅)路号变更为130路,614路(东直门望京科技创业园)路号变更为131路,623路(东直门枢纽站望京北路东口)路号变更为132路,634路(西直门香山公园东门)路号变更为563路,608路(单店四惠桥)路号变更为595路,602路(国际展览中心北苑家园)路号变更为596路,621路(鲁谷公交场站黑石头村)路号变更为597路,622路(西道口八大处)路号变更为598路,655路(方庄南口鹿圈卫生院)路号变更为599路,839路(宏福苑小区西和平东桥)路号变更为607路,855路(刘庄北站神路街)路号变更为615路,803路(时代庄园北站彩虹城小区)路号变更为特11路。