1997年03月20日，历经多番磋商，筹备经年，运用1989年落成的落马洲跨界通道，提供往返落马洲与皇岗两地的落马洲-皇岗过境穿梭巴士开始为公众提供服务。根据协议，特区政府和深圳政府须各自选出一间营办商，组成联营公司经营穿梭巴士服务。当中香港方面由新香港巴士有限公司经营，深圳方面由新福港运输发展有限公司经营。

2020年02月04日，因应新型冠状病毒疫情，落马洲管制站的旅客检查服务关闭，皇巴士落马洲-皇岗过境穿梭巴士以及九巴B1线同步暂停服务。

2023年02月06日，因应国务院联防联控有关精神通知，内地与香港全面通关，恢复所有陆路口岸出入境，皇巴士落马洲-皇岗过境穿梭巴士恢复24小时服务。