1973年05月，昆山农村公车公司新辟昆山—巴城。

2006年12月，昆山公交昆山—巴城（汽车站巴城）线路延伸，起讫站调整为新客站巴城，并改番号为昆山116路。

2006年12月28日，为配合昆山市汽车客运中心站正式启用，昆山公交昆山-周庄（调整为昆山130路）（老公路线、新公路线、专线）、昆山-南港（调整为昆山131路）、昆山-淀东（调整为昆山113路）、昆山-石浦（调整为昆山112路）、昆山-巴城（调整为昆山116路）起讫站由老客站调整为新客站。上述线路番号调整同步执行。

2010年05月08日，昆山公交昆山116路（新客站巴城客运站）缩线行驶，起讫站调整为客运北站巴城客运站。

2012年07月09日，因新澄路施工，公交车辆无法于此路段通行，昆山公交昆山116路暂停运营。（于2012年8月1日恢复）

2020年10月01日，昆山公交昆山116路停止运营。