2021年12月31日，巴士集团对高品质机场快线系统进行调整：新辟A3路|机场南山线，起讫站为[正向]机场地面交通中心西平台深圳湾口岸公交首末站/[反向]深圳湾口岸公交首末站机场新航站楼；新辟A6路|机场光明线，起讫站为[正向]机场地面交通中心西平台光明圳美总站/[反向]光明圳美总站机场新航站楼；NA1路|机场福田线夜班（[正向]机场地面交通中心西平台华联大厦/[反向]华联大厦机场新航站楼）调整走向，起讫站调整为[正向]机场地面交通中心西平台科学馆地铁公交接驳站/[反向]科学馆地铁公交接驳站机场新航站楼；A1路|机场福田线停止运营。

2024年03月21日，巴士集团对高品质机场快线系统进行调整：NA9路|机场松岗燕罗线夜班（机场地面交通中心西平台燕罗综治维稳中心）缩线行驶，起讫站调整为机场地面交通中心西平台松岗地铁站，同时将线路辅助名称调整为机场松岗线夜班；NA11路|机场宝安西乡线夜班（机场地面交通中心西平台西乡盐田）缩线行驶，起讫站调整为机场地面交通中心西平台坪洲地铁站；A3路|机场南山线更名为NA3路|机场南山线夜班。