1999年10月，配合浦东国际机场一期工程建成通航，大众巴士新辟浦东机场配套线路机场三线。

2005年02月06日，为试行大众公交区域化经营理念，深化公交改革，大众巴士与大众三汽真南分公司整合挂牌，大众三汽真南分公司全部线路划归大众巴士运营管理。整合后，大众巴士共运营管理线路32条：（原大众公交真南分公司）62路、106路、112路（含区间）、117路、129路、213路、216路、323路、516路、517路、708路、724路、750路、766路、虎南线；（原大众巴士公司）737路、738路、810路、811路、822路、841路、842路、844路、846路、861路、862路、923路、943路、机场三线、机场六线、旅游5号线、旅游8号线。

2008年11月25日，大众巴士机场三线调整运价，由多级票价2元~20元上调至多级票价2元~24元。

2010年02月24日，为配合与大众西北资产重组，大众巴士一分公司、二分公司（737路、738路、810路、822路、841路、842路、844路、846路、862路、923路、机场三线、机场六线）暂时合并，并命名为巴士三汽七分公司。

2010年06月01日，巴士三汽原七分公司部分线路（737路、738路、846路、923路、机场三线、机场六线）成立六分公司。

2014年07月01日，巴士三汽机场三线停止运营。