2007年04月11日，巴士新新莲卫专线、莲石专线、莲山专线（已停运）、莲漕专线（已停运）、外金专线（已停运）线路经营权转让，由先前托管公司锦山客运继续运营管理。

2009年05月12日，锦山客运莲朱专线、莲金专线、莲石专线、莲卫专线、莲枫专线莲花路地铁站终点站由南广场调整至北广场。

2020年06月28日，锦山客运莲石专线调整走向，改经G15沈海高速、叶新公路、车亭公路、亭卫公路、龙皓路等路段循原线。同步由多级票价1元-8元上调至多级票价1元-10元。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，锦山客运所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，金山巴士、锦山客运所有跨区线路恢复运营（青枫专线除外）；虹桥枢纽7路恢复原走向行驶。

2022年08月28日，锦山客运莲石专线停止运营。