2001年11月28日，集团姑苏公司新辟30路至嘉宝花园。

2005年12月07日，根据《苏州市区公交线网、番号、站名调整优化实施方案》，集团姑苏公司13路更名为513路，14路更名为514路，30路更名为39路，41路更名为141路。

2006年09月28日，原集团姑苏公司所属39路、302路、303路、316路、333路移交集团新区公司运营管理。

2012年03月09日，集团新区公司39路（金山路首末站太湖东路首末站）线路延伸，起讫站调整为金山路首末站东方大道首末站。

2016年09月01日，汽车南站公交换乘枢纽启用，集团新区公司39路（金山路首末站东方大道（古玩城）首末站）缩线行驶，起讫站调整为金山路首末站汽车南站公交换乘枢纽；集团园区公司16路（星塘公交中心东方大道（古玩城）首末站）缩线行驶，起讫站调整为星塘公交中心汽车南站公交换乘枢纽；集团姑苏公司62路（东山首末站东南环立交换乘枢纽站）缩线行驶，起讫站调整为东山首末站汽车南站公交换乘枢纽。

2022年05月15日，集团新区公司39路（金山路首末站汽车南站公交换乘枢纽）缩线行驶，起讫站调整为金山路首末站彩虹新村。

2024年11月10日，集团新区公司4路（天平山湖畔花园首末站）夜间班次调整为木渎公交换乘枢纽站湖畔花园首末站。39路（金山路首末站彩虹新村）由双向发车调整为金山路首末站金山路首末站单循环运营。