2001年11月28日，苏州公交新辟30路至嘉宝花园。

2005年12月07日，根据《苏州市区公交线网、番号、站名调整优化实施方案》，苏州公交13路更名为513路，14路更名为514路，30路更名为39路，41路更名为141路。

2006年09月28日，原苏州公交所属39路、302路、303路、316路、333路移交新区公交运营管理。

2012年03月09日，新区公交39路（金山路首末站太湖东路首末站）线路延伸，起讫站调整为金山路首末站东方大道首末站。

2016年09月01日，汽车南站公交换乘枢纽启用，新区公交39路（金山路首末站东方大道（古玩城）首末站）缩线行驶，起讫站调整为金山路首末站汽车南站公交换乘枢纽；园区公交16路（星塘公交中心东方大道（古玩城）首末站）缩线行驶，起讫站调整为星塘公交中心汽车南站公交换乘枢纽；苏州公交62路（东山首末站东南环立交换乘枢纽站）缩线行驶，起讫站调整为东山首末站汽车南站公交换乘枢纽。

2022年05月15日，新区公交39路（金山路首末站汽车南站公交换乘枢纽）缩线行驶，起讫站调整为金山路首末站彩虹新村。